帝王组织虽然在骷髅岛受挫，可是在其他地方全面开花。
五年时间里，帝王组织在全球各地发现了许多怪兽并在此建立了帝王基地。
其中最为特殊的是一只蝴蝶形态的怪兽，十分的美丽动人，她那光洁照人的臂膀仿佛一面挥动的荧光板，华美而高贵。
如果说哥斯拉是怪兽中的王者的话，那她就是怪兽中的女神！并且她跟哥斯拉有些很深的联系。
因此被帝王组织命名为“怪兽女神”摩斯拉。
原本摩斯拉是一只巨大的毛毛虫，帝王组织也不是很重视。
直到一天马克夫妇的女儿用奥卡唤醒了摩斯拉，随即引来了哥斯拉，这对于帝王组织来说是破天荒的一遭。
还好哥斯拉并没有任何冲动行为，对于基地没有展开破坏行为，很快就消失在了深海之中。
可是芹泽博士则认为这只毛毛虫怪兽对于哥斯拉来说有些不一般的关系，所以被侧重关注起来。
近年来全球各地的核试验越加频道起来，导致了很多不为人知的怪兽被纷纷唤醒过来，对当地造成了不可弥补的损失。
而这其中就有两只虫形怪兽苏醒大闹全球，最后还是哥斯拉从深海中苏醒打败了它们。
随着怪兽的存在被更多的人知晓以后，帝王组织的秘密也就不再那么神秘了。
全球各地都有无数人加入到这个组织来，预防怪兽。
也有人认为怪兽是自然对人类破坏自然的惩罚，派来解救地球的生态环境。
因此在帝王组织内部也被分成了两派。
其中一派则认为怪兽是威胁人类安全的怪物，被称为威胁论派；另一派则反对这个结论，反而认为怪兽是维护地球生态平衡的重要部分，他们则为自然派。芹泽博士则是自然派的代表人物，他的“自然法则”理论被验真，得到世界肯定。
芹泽博士的世界观则认为人应该跟这些怪兽和谐共生。他对自己所研究的生物有种敬意，信奉人类于自然共存的价值。
哥斯拉大战穆托的灾难来临时，是他相信哥斯拉才是能够维护自然平衡的关键，最终结果也证实他的观点的正确性。因而，在这之后，芹泽博士成为各国政府所信任的权威专家。
哥斯拉在旧金山与两只穆托掀起倾城之战，罗素夫妇的儿子安德鲁在灾难中失踪。此后，马克离开了“帝王计划”，因为他认为那些巨大的远古神秘生物是毁灭性的存在，应该被消灭，而艾玛依然坚持希望能与它们和平共存，然后通过它们，修复地球环境。
此外，他们对于“奥卡”将对世界造成什么样的影响，也有巨大分歧，这些都促使这对夫妇渐行渐远。
相对于芹泽博士的温和，艾玛.罗素则相对激进。
查尔斯利用艾玛博士的这一点，让她释放这些地球的远古生物。
她借助奥卡装置试图唤醒这些怪兽，并恢复他们的自由，以求它们回到自然界中维护自然生态平衡。
摩斯拉就是她释放的第一只怪兽。
她的丈夫马克博士试图阻止这一切，可是晚了。
摩斯拉化茧成蝶变成了一只美丽的蝴蝶。一双光彩夺目的翅膀让人不敢直视。摩斯拉很快就逃离了帝王组织建立的防范措施，不知所踪。
而后查尔斯带着艾玛博士，借助她的奥卡装置不断的在全球各地释放那些帝王组织基地中的怪兽。
随着这些怪兽的苏醒，一场威胁全球的危机正在来临。
而芹泽博士等人对于艾玛博士的行为不认同，他们虽然相信人类可以和这些怪兽和平共处，却需要时间。
人类对于他们的了解还是太少了。