在黄翔重新抓哥斯拉当“奶牛”时，外星飞船已飞到了美国，来到纽约世贸大厦上空，直接向下，停在其中一座的楼顶。
由于飞船的速度太快，美国方面又完全没想到，等飞船飞到世贸大厦上空时，楼中还有许多人在工作。
飞船停在世贸大厦后，并没主动攻击楼内的人员，而是控制了楼中所有的计算机，并以这座楼为原点，发出信号控制全球的电脑查阅人类文明的信息，并检索“黄翔”及“哥斯拉”的资料。
此时，全球无线电通讯全部瘫痪，联系不上白宫，纽约政府只能自己做决定。
被一艘来历不明的飞船停在世贸大厦，这艘飞船还在大肆入侵全球的电脑，纽约政府并没做出和原作电影里日本人一样的决定，派部队用爆破炸弹想将整栋楼和飞船一起炸掉，而是做了四方面准备：
一是疏散楼内的人员；
二是派人与外星人交流，能够和平交流自然是好，若不能够，纽约政府也希望能拖延时间让他们做更多的准备，以及从交流中，获得关于外星人情报；
三是在紧急组织世贸大厦附近的民众撤离，一旦交流不顺利，这片地区很可能会沦为战场；
四是在紧急调兵遣将，让军队赶向世贸大厦，做战斗的准备。
在外星飞船停在纽约世贸大厦查阅资料时，另一边，黄翔重新将哥斯拉抓了起来后，他飞到空中望着纽约的方向，在思考该怎么办。
组织者G1是外星人重塑肉身的希望，外星人肯定还会回来，不是找他，就是找哥斯拉。
找哥斯拉还好，那样，黄翔不用直接面对外星飞船，等外星人被组织者G1变成了怪兽，或许还可以找机会将外星飞船抢走，把外星人抓起来当宠物养。
可如果……
外星人要是觉得他体内的组织者G1更好，不找哥斯拉夺取组织者G1，而跑来找他，那乐子就大了。
黄翔可不想被外星人用飞船捶一顿，再夺取走他体内的组织者G1。
电影中，哥斯拉的组织者G1被大量夺取后，没死，还能活蹦乱跳，可自己就不一定了。
这么危险的事情，最好还是不要发生在自己身上！
可是该怎么办呢？
外星人真要来找他的话，以外星飞船的速度和结实程度，黄翔能去的地方，飞船肯定也能去，跑是很难跑得了的。
不能跑，那就只能有一战！
既然只能战斗，那就要选择最利于自己的地方。
什么地方适合于自己战斗，而不利于外星飞船呢？
深海！
黄翔脑中冒出这两个字。
海中的环境虽然对黄翔也是一种限制，但外星飞船依靠光为能源驱动，深海无光，在深海战斗，等于切断了外星飞船的能源补给，更加不适合外星飞船，只要在深海中能拖到外星飞船能源用尽，那黄翔就将获得胜利。