在研究医学的过程中，孙思邈把硫磺、硝石、木炭混合制成粉，用来发火炼丹。
孙思邈还对良医的诊病方法做了总结：“胆欲大而心欲小，智欲圆而行欲方。“胆大”是要有如赳赳武夫般自信而有气质；“心小”是要如同在薄冰上行走，在峭壁边落足一样时时小心谨慎；“智圆”是指遇事圆活机变，不得拘泥，须有制敌机先的能力；“行方”是指不贪名、不夺利，心中自有坦荡天地。”
《千金要方》孙氏认为“人命至重，有贵千金，一方济之，德逾于此”，故将他自己的两部著作均冠以“千金”二宇，名《千金要方》。
孙思邈重视医德，不分“贵贱贫富，长幼妍蚩，怨亲善友，华夷愚智”，皆一视同仁。声言“人命至重，有贵千金”。他认为，医生须以解除病人痛苦为唯一职责，其它则“无欲无求，对病人一视同仁“皆如至尊”，“华夷愚智，普同一等”。
他身体力行，一心赴救，不慕名利，用毕生精力实现了自己的道家医德思想，是中国医德思想的创始人。孙思邈的名著《千金方》中，也把“大医精诚”的医德规范放在了极其重要的位置上来专门立题，重点讨论。而他本人，也是以德养性、以德养身、德艺双馨的代表人物之一。
孙思邈具有高尚的医德，一切以治病救人为先。他关心人民的疾病痛苦，处处为患者着想，对前来求医的人，不分高贵低贱、贫富老幼，亲近疏远，皆平等相待。他出外治病，不分昼夜，不避寒暑，不顾饥渴和疲劳，全力以赴。
临床时，精神集中，认真负责，不草率从事，不考虑个人得失，不嫌脏臭污秽，专心救护。
特别是他提倡医生治病时，不能借机索要财物，应该无欲无求。他这种高尚的医德，实为后世之楷模，千余年来，一直受大家歌颂，被尊称为“药王”。
孙思邈不用动物入药。他说：“自古名贤治病，多用生命以济危急，虽曰贱畜贵人，至于爱命人畜一也。损彼益己，物情同患，况于人呼！夫杀生求生，去生更远。吾今此方所以不用生命为药者，良由此也。”
孙思邈在生之年为医药事业作了那么多重大的贡献，临终时，却遗嘱“薄葬，不藏明器，祭去牲牢”。这种精神是很可贵的。他深受人民的爱戴和敬仰。
他的家乡人民给他修庙立碑，把他隐居过的“五台山”改名为“药王山”。山上至今保留有许多有关孙思邈的古迹，如“药王庙”、“拜真台”、“太玄洞”、“千金宝要碑”、“洗药池”等。
药王孙思邈在太白山隐居修道时，“练气养神，求度世之术”。他对医药有长时期的精心研究，且常怀仁慈之心，亲自采制药物，为人治病，以医药助人。作为修道人，他奉行“凡所举动，务行阴德，济物为功”的原则。
当时的知名人士多曾拜他为师，甘当他的学生。“初唐四杰”之一的著名诗人卢照邻在他的《病梨树赋序》中称孙思邈“道合古今，学殚数术”，“推步甲乙，度量乾坤”。
在卢照邻写《病梨树赋序》时，孙思邈已经九十多岁了。但他的眼耳一点也没有衰老的迹象；体壮盛，神色清朗。当初魏征受皇上诏书编修齐、梁、陈、周、隋五代史的时候，担心会有遗漏，便多次访问孙思邈。孙思邈以口传授，就像眼前亲自看到一样的清楚。
当时卢照邻负有盛名，不幸得了重病，他嗟叹每个人遭遇的不同，人的寿命竟如此的悬殊。于是他问孙思邈：“名医治病，其道理何在呢？”
孙思邈回答说：“我听说善于论天的人，必定由这个人的本质而定；善于谈论人的人，一定要以天的道理为依据。天有四时的变化，五行的运转，寒暑交替。它运转时，和而为雨，怒而为风，凝而为霜雪，张而为虹霓。
这是天地的规律。人有四肢和五脏，一醒一睡，呼吸吐纳，循环往复。流而为荣卫，彰而为气色，发而为音声。这是人体的规律。阳用其精，阴用其形，这是天和人相同的地方。
等到失去这种正常现象，蒸则生热，否则生寒，结而为疣赘，陷而为痈疽，奔而为喘乏，竭而为焦枯。病情呈现在表面，病变却在形体内。这种道理同样可推及到天地，也是这样的。
所以五纬盈缩，星辰失度，日月错行，彗孛流飞，这是天地的危病。寒暑不时，此天地之蒸否也。石立土踊，此天地之疣赘也。
传说有一次在行路时，孙思邈看见一个牧童在杀小蛇，那蛇已经受伤出血了。孙思邈恳求牧童不要杀它，并脱下自己的衣服来送给牧童，赎救了小蛇。然后又用药物把蛇封裹起来，把它放回到草丛中去。
一个多月后，孙思邈又外出行走，看见一个白衣少年，仆人和马匹都很壮实，下马来拜见他，并感谢他说：“小弟承蒙道者救了一命，孙思邈听后没有介意。少年又再次拜他，并请他骑另一匹马。
两马驰行如飞，到了一处城郭的地方。那里花木繁盛，春景和媚，门庭灿然显赫，人物繁杂，简直就象君王的住处。原来孙思邈救的小蛇是龙王的儿子，那里就是龙宫的所在“泾阳洞府”。
龙王为报孙思邈救子之恩，临行时要送他许多金珠宝物，但都被孙思邈坚决推辞了。龙王见他不爱富贵，便叫儿子取出龙宫三十药方赠送给他，并告诉他说：“这是真方，可以济世救人”。
孙思邈回家以后把每一个药方都试用了，发现都有神效。后来孙思邈在撰写自己的方书《千金方》三十卷时，便把龙宫药方分散放在里面。
玄照和尚在嵩山白鹊谷修道，操行精严，在出家人中推为首位。他发愿讲授一千遍《法华经》，以利众生。在山中开讲以后，虽然寒暑无常，山路险恶，但是来听经的总是座无缺席。
当时有三个老头，眉毛胡须全白，相貌与众不同，在那虔诚的听讲。如此听了多日，玄照感到奇怪。忽然一日，三个老头一大早就来拜见玄照。
他们说：“我们三个弟子，其实是龙，有各自的职责，也很辛苦，以后还要几千年了。能听到你精妙的说法，没有什么报答的，也许你有什么事情需要我们去做，我们愿意效微薄之力。”
玄照：“现在阴阳失调，干旱少雨，国内闹饥荒，你们可以下些雨来拯救天下百姓。这是贫僧的愿望。”
三个老头说：“聚云下雨，本来是一桩小事。只是关于下雨的禁令绝对严重，不奉上天之命擅自行雨之罪不小，有性命之忧呢！我们试说一个办法，差不多可以成功，不知长老能不能去做？”
玄照说：“那你说给我听听吧！”
三个老头道：“少室山的孙思邈处士望高德重，一定能使弟子的灾祸解脱，那就可以马上下雨了。”
玄照：“贫僧知道孙处士在山中，但是不知道他的道行，又怎么能如此呢？”
三老头：“孙公的仁义不可估量。仁义之心附着于济世的药方，造福于万代。他的名望已经在天宫登记入册，实在是世外高人。如果他能说话相救，保证没有问题。只要长老先和他约好，如果他答应了，立即就依你的话去做。”
于是他们就把救护的办法告诉玄照。
玄照到孙思邈的住处去，诚恳的拜谒，人情礼数特别谨慎，坐定许久才说：“孙处士以贤德明哲的气度，把济助于苍生为己任，现在极旱，寸苗不长，百姓叫苦不迭，焦渴干枯如此，施用仁的时候到了。希望你开恩，救一救天下百姓。”
孙思邈答：“我没有能耐
才遁入山野，凭什么功力有助于人呢？如果有什么可以施与百姓，保证不会吝惜。”
玄照：“贫僧昨天遇到三条龙，让他们下点雨，他们都说，不奉天帝的命令擅自行雨，杀头之罪不轻，只有孙处士德高功大，能把他们救下来。我特意来表示心愿，请处士斟酌。”
孙思邈：“只要可以办到，我没有什么顾惜的。”
玄照：“下雨之后，三条龙逃避罪责，投到处士居所后边的池子里荫蔽。当有异人来捕捉他们的时候，处士向来人说明白，把他打发走，三条龙就会免罪。”
孙思邈答应下来。玄照回山，在路上遇到三个老头，玄照就把孙思邈的意思告诉了他们。他们约好一天一夜，如期下雨，淋淋洒洒，滋润千里。
第二天玄照来谒见孙思邈，说话之间，有一个样子奇特的人，直接来到后边的池畔，嘟嘟囔囔的念起咒语，一会儿，池水结冰，立刻有两苍一白三只水獭从池中出来，那人就用赤色绳索把三只水獭捆绑起来，要带走。
孙思邈上前招呼道：“这三个东西的罪，就是处死也应该的。但是他们擅自下雨，是我让他们干的，希望饶过他们，并请代我向天帝求情，不要责罚他们了。”
那人听了这些话，便解开绳索把他们放了，自己提着绳索离去。过了一会儿，三个老头向孙思邈致谢，不知如何酬谢。孙思邈说：“我住在山谷中，用不着什么东西，不需要报答。”
三个老头回身又拜见玄照，要为他效力。玄照答：“住在山中，一个是吃，一个是穿，此外什么也不需要，不用什么报酬。”经不住三个老头再三要求，玄照便说：“前山挡路，来往很不方便，你们可以把它搬走吗？”
三个老头说：“这是一件小事，只要别怪怨风雷太大就行，马上就可以办。这天晚上，雷霆大作，狂风四起，到了早晨才风停雨住。寺前的小山没有了，豁然开朗，数里平坦，三个老头又来，叩谢而去。
民间流传着很多关于药王孙思邈的画像，他的形象朴素、精神矍铄、鹤发童颜。孙思邈因为小时候曾经生过一场大病，差点丢了性命，病好后，就决心学医。他勤奋好学，很年轻的时候，对于古代医学就已经很精通了。
后来，他一直致力药学方面的研究，造诣很深。《千金药方》就是他著述的传世之作。这本书涉及的领域非常广，在生理、诊断、药物等医学理论上都有精深的见解，而且关于外科的一些医术也很有创见。他对传统中医学的发展做出了巨大的贡献。
孙思邈生前被人们尊为神医，他救治病人的声誉很高，而且常常有起死回生的奇迹出现。
每年四月末的时候，大家纷纷赶药王庙会，前去烧香祭拜。那些药铺和经营药材生意的人，更是年年供奉着药王，希望药王帮助自己的药业发达
民间流传着有一个天上下来为民解除病痛的神仙，也叫做孙思邈。据说孙思邈不仅善于救人，而且还救一些鸟兽，并且从鸟兽那里得到一些很好的救病医人的药方。
还有，老虎的事情。
孙思邈养着一头毛驴，他平时到深山采药或到远处为群众治病时，就赶上这头驴为他驮载药囊、药材等；他走困了，就骑上毛驴代步。他非常喜爱这头毛驴，一步也离不开它。
有一年夏天，他和徒弟赶着这头驴到离家乡不远的五台山去采集药材。来到一处山谷口，发现药材很多，就将毛驴拴在树上，随后便进山沟采药去了。
他们走了不大一会儿，忽然一只猛虎大叫一声，从松林里跑出来，直扑毛驴，用两只前爪将毛驴压倒在地，张开血盆大口，吃掉了这头毛驴。
孙思邈和他的徒弟闻声赶来时，老虎已经跑得没影没踪了，只见地上血肉模糊，剩下一大堆横七竖八的驴骨头。这头毛驴被老虎吃掉，眼下采集的一大堆药材如何运回去呢?
今后采药、出诊又怎么办呢?孙思邈非常生气。
说来奇怪，那只吃了毛驴的老虎走了没多大功夫，又慢慢地走了回来。它站在孙思邈的面前，垂下了头，眼中流露出哀求的神色，口角流着鲜血，温j顷的简直像只猫。
孙思邈详细观察了一会儿，看出这只老虎已经有了伤，是前来找他治疗的。但他知道这只虎吃掉了他的毛驴，孙思邈很生气，便不理睬它，转过身向远处走去。
可是这只虎也跟着他走，眼里流着泪水，看样子喉咙里实在疼得难以忍受了。
孙思邈看见老虎有悔过的样子，便叫徒弟去看看虎口里有什么病。徒弟走到老虎跟前，将医铃放人虎口。把虎嘴撑开，定睛一看，原来一根骨签扎在了老虎的喉壁上，鲜血不住地向外流着。孙思邈从虎口伸进一只手去，很快就把那根骨签取了出来。
老虎的伤病被治好以后，孙思邈就指着老虎训斥道：“你这个作恶多端的野兽，吃掉了我的毛驴，被骨签刺伤了喉咙，乃是自作自受。我本来不愿给你医治，但见你疼痛难忍，且有悔过之意，才给你治好了病。你现在快走吧!”
老虎走去不远，又返回来走到孙思邈的面前卧了下来，作出让孙思邈乘骑的姿势。
孙思邈与徒弟看见老虎的表情，想了一会也就明白了。徒弟对老虎说：“你若是愿意代替毛驴为我师父驮药的话，就把头点三下”。
他刚说完，老虎果真点了三下头。于是，徒弟便将他们采集的药材搭在老虎背上。老虎这时看了看孙思邈，还是不走。徒弟又对它说：“你难道还要把师父一起驮上吗?”
老虎听后又点了三下头。孙思邈见老虎愿意驮他，就骑在老虎的背上。这时老虎才站立起来，迈步向前赶路了。从此以后，这只虎就经常给孙思邈驮载药囊、药材，还让他骑在背上到各地给人们看病。他们师徒二人有时在深山老林里遇见盗匪、猛兽，由于这只老虎跟着，盗匪、猛兽也不敢前来伤害他们。
现在，耀州药王山上还有一块地方叫“老虎坪”。相传就是孙思邈救这只老虎的地方。后来人们给孙思邈塑像时，总要塑一只老虎卧在孙思邈身边，也就是这个原因。
孙思邈多年在高山中随师学医，深得师父赞许，尽得师父真传。辞别师父下山时，师父告诫他：“人间世事，顺逆皆有定数，不要因一时的困难就消磨了济世救人的愿望，初衷不改，必有大成。”
下山后，孙思邈谨遵师父教诲，一心一意为人医病。不料事与愿违，无论走到哪儿，不但治不好病，而且他一出手，病人就死了！他被指责、谩骂，后来，人们简直像躲避瘟疫一样嫌弃他、赶他走。
一天，他终于承受不住，上山向师父倾诉苦衷。师父说：“你受的苦我都知道，这就是个过程，等你的草鞋长到八斤半的时候，就时来运转了。”
再次下山，孙思邈又经历了同样的遭遇。虽诸事不顺，他并不灰心、气馁。
一天，他穿行在一个涝泥塘子里，草鞋几乎都拽烂了。好不容易走出塘子，他倚在一棵大树旁，用柔韧的草，捆绑破烂的草鞋，然后，继续穿上。这草鞋因为不断修补编织，已经又肥又重了。
忽然，一队送殡的队伍伴着哭声经过，被抬的棺材往外滴著血。孙思邈走近仔细观察血迹，马上就追上去高喊：“站住！站住！人还有救，人还有救……”
抬棺人不理他，认为出殡途中放下棺材不吉利。孙思邈只好边随着走，边说：“里面是个产妇，难产而死。不但孩子没生下来，产妇也流血不止。赶快放下棺材！产妇还有救！不然就来不及了！”
抬棺的人一听，他怎么会知道？说得全都对啊。
所以就放下棺材，打开棺材让他医治。只见孙思邈拿出一根银针，找准穴位就扎了进去，然后用手加大力度捻针。一会儿，“死去”的产妇竟睁开了眼睛，“啊”一声醒过来，而且马上传出了婴儿的哭声，她腹中的胎儿生出来了！产妇和孩子都得救啦！
于是孙思邈被产妇家人请回家，全家人又谢又拜，不知怎样款待才能报答救命之恩。第二天，孙思邈执意要走，全家人苦留不住，送一些银钱作谢礼，孙思邈坚拒不收，只收下了一双新草鞋。其家人想把旧草鞋扔掉，孙思邈舍不得，找秤量了量，草鞋正好八斤半。
一根银针救两命的故事很快流传开来。从此，孙思邈看病果真是手到病除，“草鞋神医”的神迹也越传越广。
作为一名医生，既能得到至高无上皇帝的赞颂，又能得到后人推崇纪念，从古至今，还没有谁能超越孙思邈。
唐太宗赞其曰：凿开径路，名魁大医：羽翼三圣，调和四时。降龙伏虎,拯衰救危；巍巍堂堂,百代之师。宋徽宗敕封孙思邈为“妙应真人”。后世民间尊称孙思邈为“药王”。
唐贞观年间，太宗李世民的长孙皇后怀孕已十多个月却不能分娩，反而患了重病，卧床不起。虽经不少太医医治，但病情一直不见好转。太宗为此每日愁眉紧锁，坐卧不宁。
他经大臣徐茂功推荐，将孙思邈召进了皇宫。但是，在中国古代有“男女授受不亲”的礼教，太医给宫内妇女看病，都不能够接近身边，只能根据别人的口述，诊治处方。
由于孙思邈是一位民间医生，又穿着粗布衣衫，当然不能让他接近皇后的“凤体”。因此，他一面叫来了皇后身边的宫娥采女细问病情，一面要来了太医的病历处方认真审阅。根据这些情况，他加以分析研究，就基本掌握了皇后的病情。
然后他取出一条红线，叫采女把线系在皇后右手腕上，一端从竹帘拉出来，孙思邈捏着线的一端，在皇后房外施行“引线诊脉”。片刻之间，孙思邈就诊完了皇后的脉。原来，孙思邈施展了神通，仅依靠着一根细线的传动，就能轻易地诊断人体脉搏的跳动。
贞观初年，唐太宗在一次抵御外寇入侵的作战中，被敌军困于一座山头之上。他在山上的水潭饮水时，由于体困头晕，把他头上戴的龙纹玉饰映在水中的倒影看成是一条小蛇，此后总是疑心自己饮水时吞下了这条小蛇。
待到班师回朝之后，他越想越觉得恶心，进而呕吐，竟成疾病。宫中太医用药几剂，均不见效。魏征只得请来孙思邈为他诊治。孙思邈见唐太宗面无病容，腹中并无异物。
问清病因之后，他苦苦思索：蛇若吞进肚子，症状应更为严重，但现在只是幻觉疑惑，实为心理疾病。
于是孙思邈先给唐太宗开了安神之药，然后拿来唐太宗出征时戴的帽子，让人打来一盆水，再让唐太宗前来观看。唐太宗在盆里看见一条龙纹的倒影，恍然大悟，顿时消除了心中的疑惑，病也就痊愈了。
孙思邈不仅治好了无数的患者，由于他修炼有方，医德高尚，还留下了许多医龙救虎、德加异类的神奇传说。
在一个雷雨交加的深夜，孙思邈修筑在高山悬崖下的茅屋木门被人敲响。他打开门之后，看见门口站着一位白衣秀士，当时天空雷轰电闪，暴雨如注，奇怪的是这位白衣秀士的衣服竟然滴水未沾！
孙思邈问他：“你要瞧病吗？”
白衣秀士急忙点头称是。孙思邈让他进屋坐下切脉之后说：“你非人类吧？”白衣秀士一愣，随即镇静下来回答：“何以见得？”
孙思邈微微一笑：“你来则有电闪雷鸣、狂风暴雨相助，静则风雷电全息。你的衣服在暴雨中丝毫不湿，加之你的脉象无不显示特异属性。如我猜得无误，你定是水府之尊枣神龙吧？”
白衣秀士听了连连点头，连称“难怪真人的大名，天上地下无所不知。真是盛名之下，其实不虚！”
说完就介绍自己的病症：“数日之前，我因一时饿得急了，饮食勿勿，不知什么物件一下堵塞了我的食道。于是连日来苟延残喘，只能喝些稀汤以维持生命。”
孙思邈听后让童子提着一桶汤药放在白衣秀士座前，督促他尽快饮服，中间不可稍息，否则此病难治。这白衣秀士一听急忙捧起桶来，一口气就将那一桶汤药给灌入了肚中。
肚中一阵翻腾，那喉头又觉忍耐不住，立即低下头来，“哇”的一声，就着那桶大吐不止。当那白衣秀士惊疑地看到在那吐出的脏物中竟有一条长蛇混杂其中时，他由衷地赞到：“真人灵丹妙药，确是手到病除！”
孙思邈“哈哈”一乐道：“什么灵丹妙药，只不过一桶醋拌蒜泥而已，酸辣交加，那蛇自然待不住了。”他顿一顿，接着说：“你病根虽除，元气未复，我再为你扎上一针，即可一劳永逸。”
那老龙听了连声称好。
孙思邈即走到白衣秀士的背后，取出一支尺余长的金针，对准他那顶心偏后的位置猛地扎下。那白衣秀士一声吼叫，即化出原形枣真正一条银光鳞鳞水桶粗细巨龙。
软瘫盘结在地上动也不能动一下。那银灯似的一对大眼，定定地瞅着孙思邈。孙思邈说：“我金针拔下，你即腾身向屋内石壁猛窜。如能穿此山岩石壁，腾身云中，你的元气也就真正恢复了。”说着话就伸手拔下那龙身上的金针，喝道：“快穿石岩！”那白龙扭动身姿即向那石岩窜去。很快在那石壁上没入身形。
但是那石壁上从此也就留下了一座宽阔幽深的巨洞。
不一会儿，空中传来白衣秀士的声音：“真人德加异类，为神仙之榜样。我即返还府，防涝救旱，永为人类造福！”孙思邈打开门来，只见空中一道闪电，白龙身形在云际中晃动之后没入茫茫的天空之中。
孙思邈被人称为孙真人，在大唐自然有不少的追随者。